MirGeneDB ID | Cfa-Mir-505-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-505 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-505-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-505-v1 Cja-Mir-505 Cpo-Mir-505-v1 Dno-Mir-505-v1 Eca-Mir-505-v1 Ete-Mir-505-v1 Hsa-Mir-505-v1 Laf-Mir-505-v1 Mml-Mir-505-v1 Mmr-Mir-505-v1 Mmu-Mir-505-v1 Ocu-Mir-505-v1 Pab-Mir-505-v1 Rno-Mir-505-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 109866459-109866517 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-505-v1) |
Mir-505-v1
chrX: 109866459-109866517 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-505-v2 chrX: 109866459-109866517 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGCCGCUGGUAAAUUGAUGCGCUCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUGCCAGUUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUCCUCUCUGGAGCAUCACCAAGUUCGUGGAUUUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUGCCGCUGGUAAAUUG---| GC U G A UCUGC AUGC UCAG GGGGGAGCCAG AAGU UUGAUGUU \ UACG GGUC CUCCUUUGGUC UUCA AACUGCGA C CUUUUAGGUGCUUGAACCAC^ A- U G C UUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-505-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0009908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUU -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-505 miRDB: MIMAT0009908 |
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Mature sequence | Cfa-Mir-505-v1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CGUCAACACUUGCUGGUUUCCUC -59
Get sequence
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