MirGeneDB ID | Gga-Mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1397 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1397 Ami-Mir-1397 Cpi-Mir-1397 Gja-Mir-1397 Neu-Mir-1397 Oan-Mir-1397 Pbv-Mir-1397 Sha-Mir-1397 Spt-Mir-1397 Tgu-Mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
1: 128273803-128273860 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAGCUGUUGACUGAAUGCGAUGUGUGCAUUGCAUUGCGACGGGUUAUAUCACUAAUCGUAACAUGAUGUAACCCAACGCAGCAUGAUGUAAGCGUCGUGAAACGUUGGAGAUUUAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAAGCUGUUGACUGAAU--| G CA AC CUAAU GCGAUGU UGCAUUG UUGCG GGGUUAUAUCA C UGCUGCG AUGUAGU GACGC CCCAAUGUAGU G AGAUUUAGAGGUUGCAAAG^ A AC AA ACAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gga-Mir-1397_5p |
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mirBase accession | MIMAT0007283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCAUUGCGACGGGUUAUAUCA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-1397-5p miRDB: MIMAT0007283 |
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Star sequence | Gga-Mir-1397_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0007284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AUGUAACCCAACGCAGCAUGAU -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-1397-3p miRDB: MIMAT0007284 |