MirGeneDB ID | Mdo-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-mir-1-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mdo-Mir-1-P1 Mdo-Mir-1-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P3 Ami-Mir-1-P3 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P3 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P3 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P3 Cmi-Mir-1-P3 Cpi-Mir-1-P3 Cpo-Mir-1-P3 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P3 Dpu-Mir-1 Dre-Mir-1-P3 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P3 Gga-Mir-1-P3 Gja-Mir-1-P3 Gmo-Mir-1-P3 Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P3 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P3 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P3 Mal-Mir-1-P3 Mml-Mir-1-P3 Mmu-Mir-1-P3 Mun-Mir-1-P3 Oan-Mir-1-P3 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P3 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P3 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o3 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P3 Sha-Mir-1-P3 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P3 Spu-Mir-1 Sto-Mir-1-P3 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P3 Tni-Mir-1-P3 Xbo-Mir-1 Xla-Mir-1-P3a Xla-Mir-1-P3b Xtr-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
1: 476676455-476676515 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P3) |
Mir-133-P3-v1
1: 476650621-476650680 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P3-v2 1: 476650621-476650680 [-] UCSC Ensembl Mir-1-P3 1: 476676455-476676515 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCCCAUAUUGAAAACUACCUGCUUGAGAAACAUACUACUUUAUAUGCCCAUAUGAACGUGCUAAGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUUUCCGGUAGGGCAUCUCUCUCAUGGGAGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCCCAUAUUGAAAACUA--| U A A GC UGAACG CCUGCU GAGA ACAUACU CUUUAUAU CCAUA U GGAUGG CUUU UGUAUGA GAAAUGUA GGUAU G ACGAGGGUACUCUCUCUACG^ C A A A- CGAAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mdo-Mir-1-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0031035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAUACUACUUUAUAUGCCCAUA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-1-2-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mdo-Mir-1-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-1-3p |