MirGeneDB ID | Pma-Mir-1-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-1-o1 Pma-Mir-1-o2 Pma-Mir-1-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P3 Ami-Mir-1-P3 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P3 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P3 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P3 Cmi-Mir-1-P3 Cpi-Mir-1-P3 Cpo-Mir-1-P3 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P3 Dpu-Mir-1 Dre-Mir-1-P3 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P3 Gga-Mir-1-P3 Gja-Mir-1-P3 Gmo-Mir-1-P3 Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P3 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P3 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P3 Mal-Mir-1-P3 Mdo-Mir-1-P3 Mml-Mir-1-P3 Mmu-Mir-1-P3 Mun-Mir-1-P3 Oan-Mir-1-P3 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P3 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P3 Pfl-Mir-1 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P3 Sha-Mir-1-P3 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P3 Spu-Mir-1 Sto-Mir-1-P3 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P3 Tni-Mir-1-P3 Xbo-Mir-1 Xla-Mir-1-P3a Xla-Mir-1-P3b Xtr-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046091.1: 2243020-2243080 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-o3) |
Mir-133-o3-v1
NC_046091.1: 2255639-2255697 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-133-o3-v2 NC_046091.1: 2255639-2255697 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGCGCGCAACUCUUGGCCCAGUCAAGUUCACGUACUUCUUUAUAUGCCCAUAUGAGAGCUCGCUGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUGUUUGGCUCCGGGGCAGAAUCGUCGCUCGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGCGCGCAACUCUUGGC --| UC GC UGAGAG CC AGUCAAGU ACGUACUUCUUUAUAU CCAUA C GG UCGGUUUG UGUAUGAAGAAAUGUA GGUAU U CGCUCGCUGCUAAGACGG CC^ UA A- CGUCGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pma-Mir-1-o3_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACGUACUUCUUUAUAUGCCCAUA -23
Get sequence
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Mature sequence | Pma-Mir-1-o3_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU -61
Get sequence
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