| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-541 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-541 Cja-Mir-541 Cpo-Mir-541 Dno-Mir-541 Eca-Mir-541 Ete-Mir-541 Hsa-Mir-541 Laf-Mir-541 Mml-Mir-541 Mmu-Mir-541 Ocu-Mir-541 Pab-Mir-541 Rno-Mir-541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007663.1: 12758520-12758585 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-541) |
Mir-154-P2-v2
CM007663.1: 12719569-12719626 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v1 CM007663.1: 12719570-12719625 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P37 CM007663.1: 12721366-12721423 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 CM007663.1: 12739835-12739897 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 CM007663.1: 12745610-12745663 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 CM007663.1: 12759249-12759302 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 CM007663.1: 12759838-12759893 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAGACUGAGAACUCAUGCCAACGUCAGGGAAAGGAUUCUGCUGUCGGUCCCACUCCAAAGUUGAUAAAAUGGGUGGUGGGCACAGAAUCCAGACUCUGCUUGUGGCAUAUGUCGUCGGGUCCCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAGACUGAGAACUCAU--| ACGU AAA C G UC CCAAAGUU GCCA CAGGG GGAUUCUG UGUC G CCACU \ CGGU GUCUC CCUAAGAC ACGG U GGUGG G GUCCCUGGGCUGCUGUAUA^ GUUC AGA - G -- GUAAAAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmr-Mir-541_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAGGAUUCUGCUGUCGGUCCCACU -25
Get sequence
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| Star sequence | Mmr-Mir-541_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UGGUGGGCACAGAAUCCAGACU -66
Get sequence
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