| MirGeneDB ID | Tni-Mir-132-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCUUGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-132-P1a Tni-Mir-132-P1b Tni-Mir-132-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-132-P2 Ami-Mir-132-P2 Bta-Mir-132-P2 Cfa-Mir-132-P2 Cja-Mir-132-P2 Cmi-Mir-132-P2 Cpi-Mir-132-P2 Cpo-Mir-132-P2 Dno-Mir-132-P2 Dre-Mir-132-P2a Eca-Mir-132-P2 Gga-Mir-132-P2 Gja-Mir-132-P2 Gmo-Mir-132-P2a Hsa-Mir-132-P2 Laf-Mir-132-P2 Lch-Mir-132-P2 Loc-Mir-132-P2 Mal-Mir-132-P2a Mdo-Mir-132-P2 Mml-Mir-132-P2 Mmr-Mir-132-P2 Mmu-Mir-132-P2 Mun-Mir-132-P2 Neu-Mir-132-P2 Oan-Mir-132-P2 Ocu-Mir-132-P2 Pab-Mir-132-P2 Pbv-Mir-132-P2 Pma-Mir-132-o2 Rno-Mir-132-P2 Sha-Mir-132-P2 Spt-Mir-132-P2 Tgu-Mir-132-P2 Xtr-Mir-132-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
Un_random: 63608305-63608373 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P2a) |
Mir-132-P2a
Un_random: 63608305-63608373 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1a Un_random: 63608572-63608634 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGGCUCGCCUCCGUGGUCAGCGCAUCAACACCUUGGCUCUAGACUGCUUACUGCUAACACCGCUCUGAAGUACAGUAACAGUCUACAGUCAUGGCUACUGACGCCUGGCAAACCUCUGCCUGCGUGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGGCUCGCCUCCGUGG---| C A ACA- U C C GCUAACACCG UCAG GC UCA CC UGGCU UAGACUG UUACU \ GGUC CG AGU GG ACUGA AUCUGAC AAUGA C CAGUGCGUCCGUCUCCAAAC^ - C CAUC U C - CAUGAAGUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-132-P2a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUUGGCUCUAGACUGCUUACU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Tni-Mir-132-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- UAACAGUCUACAGUCAUGGCUAC -69
Get sequence
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