MirGeneDB ID | Ami-Mir-33-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-33 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-33-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-33-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-33 Aca-Mir-33-P3 Bge-Mir-33 Bta-Mir-33-P3 Cfa-Mir-33-P3 Cgi-Mir-33 Cin-Mir-33 Cli-Mir-33-P3 Cmi-Mir-33-P3 Cpi-Mir-33-P3 Cpo-Mir-33-P3 Csc-Mir-33 Cte-Mir-33 Dan-Mir-33 Dma-Mir-33 Dme-Mir-33 Dmo-Mir-33 Dno-Mir-33-P3 Dpu-Mir-33 Dsi-Mir-33 Dya-Mir-33 Ebu-Mir-33 Efe-Mir-33 Esc-Mir-33 Ete-Mir-33-P3 Gga-Mir-33-P3 Gja-Mir-33-P3 Hsa-Mir-33-P3 Isc-Mir-33 Lch-Mir-33-P3 Lgi-Mir-33 Loc-Mir-33-P3 Mal-Mir-33-P3 Mdo-Mir-33-P3 Mml-Mir-33-P3 Mmu-Mir-33-P3 Mun-Mir-33-P3 Npo-Mir-33 Oan-Mir-33-P3 Obi-Mir-33 Ocu-Mir-33-P3 Ovu-Mir-33 Pbv-Mir-33-P3 Pfl-Mir-33 Pma-Mir-33-o3 Pmi-Mir-33 Rno-Mir-33-P3 Sha-Mir-33-P3 Sko-Mir-33 Spt-Mir-33-P3 Spu-Mir-33 Sto-Mir-33-P3 Tca-Mir-33 Tgu-Mir-33-P3 Tni-Mir-33-P3 Xbo-Mir-33 Xla-Mir-33-P3a Xla-Mir-33-P3b Xtr-Mir-33-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017710370.1: 945279-945339 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCCUCUGUUACUCCUGGGUGACCGCUGUAGUGCAUUGUAGUUGCAUUGCAUGUUCUGGUAGUAUCUGUGCAAUGUUUCUGCAGUGCAGUAUAGAGGCACUCUUCACGUCUGCAGUGCAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCCCUCUGUUACUCCUG---| A G G UU UGUUCUGG GGUG CC CUGUA UGCAUUGUAG GCAUUGCA \ UCAC GG GAUAU ACGUGACGUC UGUAACGU U GGACGUGACGUCUGCACUUC^ - A G UU GUCUAUGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-33-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCAUUGUAGUUGCAUUGCA -21
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-33-P3_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038093 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAUGUUUCUGCAGUGCAGUA -61
Get sequence
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