MirGeneDB ID | Pma-Mir-33-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-33 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-33-o1 Pma-Mir-33-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-33 Aca-Mir-33-P3 Ami-Mir-33-P3 Bge-Mir-33 Bta-Mir-33-P3 Cfa-Mir-33-P3 Cgi-Mir-33 Cin-Mir-33 Cli-Mir-33-P3 Cmi-Mir-33-P3 Cpi-Mir-33-P3 Cpo-Mir-33-P3 Csc-Mir-33 Cte-Mir-33 Dan-Mir-33 Dma-Mir-33 Dme-Mir-33 Dmo-Mir-33 Dno-Mir-33-P3 Dpu-Mir-33 Dsi-Mir-33 Dya-Mir-33 Ebu-Mir-33 Efe-Mir-33 Esc-Mir-33 Ete-Mir-33-P3 Gga-Mir-33-P3 Gja-Mir-33-P3 Hsa-Mir-33-P3 Isc-Mir-33 Lch-Mir-33-P3 Lgi-Mir-33 Loc-Mir-33-P3 Mal-Mir-33-P3 Mdo-Mir-33-P3 Mml-Mir-33-P3 Mmu-Mir-33-P3 Mun-Mir-33-P3 Npo-Mir-33 Oan-Mir-33-P3 Obi-Mir-33 Ocu-Mir-33-P3 Ovu-Mir-33 Pbv-Mir-33-P3 Pfl-Mir-33 Pmi-Mir-33 Rno-Mir-33-P3 Sha-Mir-33-P3 Sko-Mir-33 Spt-Mir-33-P3 Spu-Mir-33 Sto-Mir-33-P3 Tca-Mir-33 Tgu-Mir-33-P3 Tni-Mir-33-P3 Xbo-Mir-33 Xla-Mir-33-P3a Xla-Mir-33-P3b Xtr-Mir-33-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046111.1: 1209366-1209429 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGCCGACGUGCCCACCGAGCACCGCCGUGGUGCAUUGUAGUUGCAUUGCAUGCGCCGCCAGCAUCAGAGGUGCAAUGCACUUGCAGUGCAGUACGGAGGCGUUCACGGAUGGGGGUGGCUCACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGCCGACGUGCCCACC--| A G G U GCGCCGCC GAGC CC CCGUG UGCAUUGUAG UGCAUUGCAU A CUUG GG GGCAU ACGUGACGUU ACGUAACGUG G CACUCGGUGGGGGUAGGCA^ C A G C GAGACUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pma-Mir-33-o3_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCAUUGUAGUUGCAUUGCAU -22
Get sequence
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Star sequence | Pma-Mir-33-o3_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- GCAAUGCACUUGCAGUGCAGUA -64
Get sequence
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