MirGeneDB ID | Mdo-Mir-33-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-33 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-mir-33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-33 Aca-Mir-33-P3 Ami-Mir-33-P3 Bge-Mir-33 Bta-Mir-33-P3 Cfa-Mir-33-P3 Cgi-Mir-33 Cin-Mir-33 Cli-Mir-33-P3 Cmi-Mir-33-P3 Cpi-Mir-33-P3 Cpo-Mir-33-P3 Csc-Mir-33 Cte-Mir-33 Dan-Mir-33 Dma-Mir-33 Dme-Mir-33 Dmo-Mir-33 Dno-Mir-33-P3 Dpu-Mir-33 Dsi-Mir-33 Dya-Mir-33 Ebu-Mir-33 Efe-Mir-33 Esc-Mir-33 Ete-Mir-33-P3 Gga-Mir-33-P3 Gja-Mir-33-P3 Hsa-Mir-33-P3 Isc-Mir-33 Lch-Mir-33-P3 Lgi-Mir-33 Loc-Mir-33-P3 Mal-Mir-33-P3 Mml-Mir-33-P3 Mmu-Mir-33-P3 Mun-Mir-33-P3 Npo-Mir-33 Oan-Mir-33-P3 Obi-Mir-33 Ocu-Mir-33-P3 Ovu-Mir-33 Pbv-Mir-33-P3 Pfl-Mir-33 Pma-Mir-33-o3 Pmi-Mir-33 Rno-Mir-33-P3 Sha-Mir-33-P3 Sko-Mir-33 Spt-Mir-33-P3 Spu-Mir-33 Sto-Mir-33-P3 Tca-Mir-33 Tgu-Mir-33-P3 Tni-Mir-33-P3 Xbo-Mir-33 Xla-Mir-33-P3a Xla-Mir-33-P3b Xtr-Mir-33-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
Un: 28299329-28299388 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGCAGAGCACCCUAAAGCGAGCGGCUGGGGUGCAUUGUAGUUGCAUUGCACGUCGUGUCCGGGCCGUGCAAUGUUUCCACAGUGCAUCCCAGAGGCCCGCGCUGCCGCCGCCGCCGCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGGCAGAGCACCCUAAA--| A GG AGUU CGUCGUG GCG GC CUGGGGUGCAUUGU GCAUUGCA U CGC CG GACCCUACGUGACA UGUAACGU C ACCGCCGCCGCCGCCGUCG^ C GA CCUU GCCGGGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mdo-Mir-33-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0012754 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCAUUGUAGUUGCAUUGCA -21
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-33-5p |
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Star sequence | Mdo-Mir-33-P3_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0026944 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CAAUGUUUCCACAGUGCAUCC -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-33-3p |