MirGeneDB ID | Cbr-Mir-279-P11b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cbr-mir-45-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cbr-Mir-279-P10 Cbr-Mir-279-P11a Cbr-Mir-279-P12 Cbr-Mir-279-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-279 Bpl-Mir-279 Cel-Mir-279-P11 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (CB4) |
II: 8903154-8903219 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P11b) |
Mir-279-P10
II: 8891068-8891135 [-]
Ensembl
Mir-2-o4 II: 8891220-8891282 [-] Ensembl Mir-36-o25 II: 8891373-8891435 [-] Ensembl Mir-279-P11a II: 8900359-8900424 [-] Ensembl Mir-279-P11b II: 8903154-8903219 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGUAAGCUUUUCUGCUAAACAGUGCCACGCUGGAUGUGUUCGUUAGUCAUAGUAACCUCAUCAAUUCAGGCUUAUGACUAGAGACACAUUCAGCUUGGCGCCAAACUAUGCAGAACUUUUUUCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGGUAAGCUUUUCUGCUAAACA--| C CG GUAACCUCAU GUGCCA GCUGGAUGUGUU UUAGUCAUA \ CGCGGU CGACUUACACAG GAUCAGUAU C CUCUUUUUUCAAGACGUAUCAAAC^ U A- UCGGACUUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cbr-Mir-279-P11b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGGAUGUGUUCGUUAGUCAUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cbr-Mir-279-P11b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000470 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- UGACUAGAGACACAUUCAGCU -66
Get sequence
|