MirGeneDB ID | Cfa-Mir-34-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-34c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-34-P1 Cfa-Mir-34-P2a Cfa-Mir-34-P3b Cfa-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P2b Ami-Mir-34-P2b Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P2b Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P2b Cmi-Mir-34-P2b Cpi-Mir-34-P2b Cpo-Mir-34-P2b Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P2b Dpu-Mir-34 Dre-Mir-34-P2b Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Ebu-Mir-34-P2b Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P2b Gga-Mir-34-P2b Gja-Mir-34-P2b Hsa-Mir-34-P2b Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P2b Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P2b Mdo-Mir-34-P2b Mml-Mir-34-P2b Mmu-Mir-34-P2b Mun-Mir-34-P2b Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P2b Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P2b Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P2b Pfl-Mir-34 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P2b Sha-Mir-34-P2b Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P2b Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P2b Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P2b Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P2b1a Xla-Mir-34-P2b1b Xla-Mir-34-P2b2a Xla-Mir-34-P2b2b Xtr-Mir-34-P2b1 Xtr-Mir-34-P2b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr5: 21558106-21558160 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P2b) |
Mir-34-P2b
chr5: 21558106-21558160 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P2a chr5: 21558697-21558755 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAACCUUGUUUUUCUGUGAGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACGGCCAGGUAAAAAGAUUUGGGAAUCAUCCAAAUGAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAACCUUGUUUUUCUGU--| AG A A A C CUAA GAGUCU UUACU GGC GUGU GUUAG UGAUUG U UUUAGA AAUGG CCG CACA CAAUC ACUAAC A CGAGUAAACCUACUAAGGG^ AA A G C - CAUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-34-P2b_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGC -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-34c miRDB: MIMAT0006693 |
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Star sequence | Cfa-Mir-34-P2b_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- AAUCACUAACCACACGGCCAGG -55
Get sequence
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