MirGeneDB ID | Cfa-Mir-431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-431 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-431 Cja-Mir-431 Cpo-Mir-431 Eca-Mir-431 Ete-Mir-431 Hsa-Mir-431 Laf-Mir-431 Mml-Mir-431 Mmr-Mir-431 Mmu-Mir-431 Ocu-Mir-431 Pab-Mir-431 Rno-Mir-431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr8: 69102958-69103021 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-431) |
Mir-493
chr8: 69094351-69094412 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-433 chr8: 69103838-69103911 [+] UCSC Ensembl Mir-127 chr8: 69104942-69104997 [+] UCSC Ensembl Mir-432 chr8: 69106428-69106496 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 chr8: 69106615-69106670 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 chr8: 69106615-69106670 [+] UCSC Ensembl Mir-370 chr8: 69132798-69132854 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCACGUCGUUCUCCUGCUCGUCCUGCGAGGUGUCUUGCAGGCCGUCAUGCAGGCCACACUGACGGUAACGUUGCAGGUCGUCUUGCAGGGCUUCUCGCAAGACGACAUCUUCAUCACCCACGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCACGUCGUUCUCCUGC--| C U C UCA GGCCACACU UCGUC UGCGAGG GUCUUGCAGG CG UGCA G AGCAG ACGCUCU CGGGACGUUC GC ACGU A CAGCACCCACUACUUCUAC^ A U U UGG UGCAAUGGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are Dicer cuts +2 and +3 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-431_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUCUUGCAGGCCGUCAUGCA -21
Get sequence
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Co-mature sequence | Cfa-Mir-431_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- CAGGUCGUCUUGCAGGGCUUC -64
Get sequence
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