MirGeneDB ID | Cpo-Mir-431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-431 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-431 Cfa-Mir-431 Ete-Mir-431 Hsa-Mir-431 Mml-Mir-431 Mmu-Mir-431 Ocu-Mir-431 Rno-Mir-431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_111: 951653-951716 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-431) |
Mir-493
scaffold_111: 942145-942206 [+]
UCSC
Mir-337-v1 scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC Mir-337-v2 scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC Mir-431 scaffold_111: 951653-951716 [+] UCSC Mir-12073 scaffold_111: 952329-952402 [+] UCSC Mir-433 scaffold_111: 952524-952597 [+] UCSC Mir-127 scaffold_111: 953628-953683 [+] UCSC Mir-432 scaffold_111: 955129-955197 [+] UCSC Mir-136-v2 scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC Mir-136-v1 scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC Mir-370 scaffold_111: 977812-977869 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCACGUCGUUGUCCUGCGCGUCCUGCGAGGUGUCUUGCAGGCCGUCAUGCAGGCCACACUGACGGUAACGUUGCAGGUCGUCUUGCAGGGCUUCUCGCAAGACGACAUCCUCAUCGCCAACGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCACGUCGUUGUCCUGCG--| C U C UCA GGCCACACU CGUC UGCGAGG GUCUUGCAGG CG UGCA G GCAG ACGCUCU CGGGACGUUC GC ACGU A CAGCAACCGCUACUCCUACA^ A U U UGG UGCAAUGGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are Dicer cuts +2 and +3 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-431_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUCUUGCAGGCCGUCAUGCA -21
Get sequence
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Co-mature sequence | Cpo-Mir-431_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- CAGGUCGUCUUGCAGGGCUUC -64
Get sequence
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