MirGeneDB ID | Cfa-Mir-506-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAUGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-506-P1 Cfa-Mir-506-P2a Cfa-Mir-506-P2b Cfa-Mir-506-P3a Cfa-Mir-506-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P4 Cja-Mir-506-P4 Cpo-Mir-506-P4 Dno-Mir-506-P4 Eca-Mir-506-P4a Eca-Mir-506-P4b Hsa-Mir-506-P4 Laf-Mir-506 Mml-Mir-506-P4 Mmr-Mir-506-P4 Mmu-Mir-506-P4 Ocu-Mir-506-P4 Pab-Mir-506-P4 Rno-Mir-506-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 115652425-115652482 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P4) |
Mir-506-P4
chrX: 115652425-115652482 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P2b chrX: 115652721-115652779 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3a chrX: 115658398-115658456 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3b chrX: 115658609-115658666 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2a chrX: 115665393-115665450 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1 chrX: 115688019-115688076 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGCCUUCGGCUUAUCUGUGUUCAGUGCCCUACUCAGGGAGGCGUCAUUCACAUAAGUUGAUAUAUGAAUGGCACCUUUUUGAGUAGGGUAAUGUACAAUGAGGACAACAUUUGUGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUGCCUUCGGCUUAUCUG--| U G C CAUAAG UGU CA UGCCCUACUCAGGGAGG GUCAUUCA U ACA GU AUGGGAUGAGUUUUUCC CGGUAAGU U UGGUGUUUACAACAGGAGUA^ U A A AUAUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-506-P4_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0034422 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUCAGGGAGGCGUCAUUCACA -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-506 miRDB: MIMAT0034422 |
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Mature sequence | Cfa-Mir-506-P4_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGAAUGGCACCUUUUUGAGUAGG -58
Get sequence
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