MirGeneDB ID | Dme-Iab-4-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | IAB-4 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-iab-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dme-Iab-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aga-Iab-4 Aga-Iab-4-as Bge-Iab-4 Bge-Iab-4-as Dan-Iab-4 Dan-Iab-4-as Dlo-Iab-4 Dlo-Iab-4-as Dma-Iab-4 Dmo-Iab-4 Dmo-Iab-4-as Dpu-Iab-4 Dpu-Iab-4-as Dsi-Iab-4 Dsi-Iab-4-as Dya-Iab-4 Dya-Iab-4-as Gpa-Iab-4 Hme-Iab-4 Hme-Iab-4-as Isc-Iab-4 Tca-Iab-4 Tca-Iab-4-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 16856278-16856337 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Iab-4-as) |
Iab-4-as
3R: 16856278-16856337 [-]
UCSC
Ensembl
Iab-4 3R: 16856281-16856337 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACAUCCCACGUUGUUAGUGCUCUCUCGUGUUACGUAUACUGAAGGUAUACCGGAUAGGAUACACUCAGGAUACAUUCAGUAUACGUUUACGAGGUCGCACAGAAUCGCCAUUAUUCAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CACAUCCCACGUUGUUA--| UC UU G A GGAUAGG GUGC UCUCGUG ACGUAUACUGAA GUAU CC A CACG GGAGCAU UGCAUAUGACUU CAUA GG U AAACUUAUUACCGCUAAGA^ CU U- A - ACUCACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dme-Iab-4-as_5p |
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mirBase accession | MIMAT0005463 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUACGUAUACUGAAGGUAUACCGG -24
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005463 |
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Star sequence | Dme-Iab-4-as_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0005464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGGAUACAUUCAGUAUACGUUUA -60
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005464 |