MirGeneDB ID | Aga-Iab-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | IAB-4 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGUAUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aga-mir-iab-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aga-Iab-4-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Iab-4-P1 Aae-Iab-4-P1-as Aae-Iab-4-P2 Aae-Iab-4-P2-as Bge-Iab-4 Bge-Iab-4-as Csc-Iab-4-P6 Csc-Iab-4-P6-as Csc-Iab-4-P7 Csc-Iab-4-P7-as Dan-Iab-4 Dan-Iab-4-as Dlo-Iab-4 Dlo-Iab-4-as Dma-Iab-4 Dme-Iab-4 Dme-Iab-4-as Dmo-Iab-4 Dmo-Iab-4-as Dpu-Iab-4 Dpu-Iab-4-as Dsi-Iab-4 Dsi-Iab-4-as Dya-Iab-4 Dya-Iab-4-as Gpa-Iab-4 Hme-Iab-4 Hme-Iab-4-as Isc-Iab-4 Lpo-Iab-4-P3 Lpo-Iab-4-P3-as Lpo-Iab-4-P4 Lpo-Iab-4-P5 Lpo-Iab-4-P5-as Tca-Iab-4 Tca-Iab-4-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 58334363-58334419 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUGAGCGUUGUUCGAGUGCCGCUUCAUGAACGUAUACUGAAUGUAUCCUGAGUGCUACUUAUCCGGUAUACCUUCAGUAUACGUAACAAGAGGCGACACAAUCAUCGUUGAUGUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAUGAGCGUUGUUCGAG- C A A- U -| U GUGC UG CGCUUC UG ACGUAUACUGAA GUAU CC GA U AC GCGGAG AC UGCAUAUGACUU CAUA GG CU A GCUGUAGUUGCUACUAAC A A AA C U^ C AUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aga-Iab-4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0001531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACGUAUACUGAAUGUAUCCUGA -22
Get sequence
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Star sequence | Aga-Iab-4_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- CGGUAUACCUUCAGUAUACGUAA -57
Get sequence
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