MirGeneDB ID | Tca-Iab-4-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | IAB-4 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAUACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-iab-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Iab-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aga-Iab-4 Aga-Iab-4-as Bge-Iab-4 Bge-Iab-4-as Dan-Iab-4 Dan-Iab-4-as Dlo-Iab-4 Dlo-Iab-4-as Dma-Iab-4 Dme-Iab-4 Dme-Iab-4-as Dmo-Iab-4 Dmo-Iab-4-as Dpu-Iab-4 Dpu-Iab-4-as Dsi-Iab-4 Dsi-Iab-4-as Dya-Iab-4 Dya-Iab-4-as Gpa-Iab-4 Hme-Iab-4 Hme-Iab-4-as Isc-Iab-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG2: 7972007-7972066 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Iab-4-as) |
Iab-4
LG2: 7972007-7972063 [-]
Ensembl
Iab-4-as LG2: 7972007-7972066 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGGCCGGACCGUUGAAAUGUGGCCUCCUGUUACGUAUACUGAAGGUAUACCGGACAGAAAACACUCAGGAUACAUUCAGUAUACGUACAGGGGGUUUAACAUUCUGUCUUCAGUCUUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGGCCGGACCGUUGAAA --| U G A G CAGA UGU GGCCUCCUGU ACGUAUACUGAA GUAU CC GA A ACA UUGGGGGACA UGCAUAUGACUU CAUA GG CU A GCUUCUGACUUCUGUCUU AU^ - A - A CACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut +1 relatie to what is annotated here. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tca-Iab-4-as_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0018698 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUACGUAUACUGAAGGUAUACCGGA -25
Get sequence
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Mature sequence | Tca-Iab-4-as_3p |
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mirBase accession | MIMAT0018699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGGAUACAUUCAGUAUACGUACA -60
Get sequence
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