MirGeneDB ID | Isc-Iab-4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | IAB-4 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGUAUAC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | isc-mir-iab-4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Iab-4-P1 Aae-Iab-4-P1-as Aae-Iab-4-P2 Aae-Iab-4-P2-as Bge-Iab-4 Bge-Iab-4-as Csc-Iab-4-P6 Csc-Iab-4-P7 Dan-Iab-4 Dan-Iab-4-as Dma-Iab-4 Dme-Iab-4 Dme-Iab-4-as Dmo-Iab-4 Dmo-Iab-4-as Dpu-Iab-4 Dpu-Iab-4-as Dsi-Iab-4 Dsi-Iab-4-as Dya-Iab-4 Dya-Iab-4-as Hme-Iab-4 Hme-Iab-4-as Lpo-Iab-4-P3 Lpo-Iab-4-P3-as Lpo-Iab-4-P4 Lpo-Iab-4-P5 Lpo-Iab-4-P5-as Tca-Iab-4 Tca-Iab-4-as | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Arthropoda | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Arthropoda | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (IscaWI) |
DS891538: 738929-738986 [-] Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCAGCGUCGUCCUUAGCGGCGCCUCCCGUUCGUAUACUGAGUGUAUCCUGAGUGUUUAAUUUUCCGGUAUACCUUCAGUAUACGUAACGGGGGACCCGGAGAAUGCGCGGAACGGAGGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCCAGCGUCGUCCUUAG-- CG U - U -| U GUGUU CGG CC CCCGUU CGUAUACUGAG GUAU CC GA \ GCC GG GGGCAA GCAUAUGACUU CAUA GG CU U GAGGCAAGGCGCGUAAGAG CA - U C U^ C UUUAA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Isc-Iab-4_5p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0018921 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGUAUACUGAGUGUAUCCUGA -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Isc-Iab-4_3p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- GGUAUACCUUCAGUAUACGUAA -58
Get sequence
|