MirGeneDB ID | Eca-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-214-v1 Ami-Mir-214-v1 Bta-Mir-214-v1 Cfa-Mir-214-v1 Cja-Mir-214 Cli-Mir-214-v1 Cmi-Mir-214-v1 Cpi-Mir-214-v1 Cpo-Mir-214-v1 Dno-Mir-214-v1 Ete-Mir-214-v1 Gga-Mir-214-v1 Gja-Mir-214-v1 Hsa-Mir-214-v1 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Loc-Mir-214-v1 Mdo-Mir-214-v1 Mml-Mir-214-v1 Mmr-Mir-214-v1 Mmu-Mir-214-v1 Mun-Mir-214 Oan-Mir-214-v1 Ocu-Mir-214-v1 Pab-Mir-214 Pbv-Mir-214-v1 Rno-Mir-214-v1 Sha-Mir-214-v1 Spt-Mir-214 Sto-Mir-214-v1 Tgu-Mir-214-v1 Xtr-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009152.1: 8117501-8117563 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v1) |
Mir-214-v1
CM009152.1: 8117501-8117563 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-214-v2 CM009152.1: 8117501-8117563 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v1 CM009152.1: 8123287-8123347 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v2 CM009152.1: 8123287-8123347 [-] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v3 CM009152.1: 8123287-8123347 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGCCUGGCUGGACGGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCGCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAUGACAACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGCCUGGCUGGACGGA--| U ACA AGAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUG C ACCAACAGUAAGUCCGACC^ U CAC UCCACUCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-214-v1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-214-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0012963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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