MirGeneDB ID | Pbv-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCCUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pbv-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-214-v1 Ami-Mir-214-v1 Bta-Mir-214-v1 Cfa-Mir-214-v1 Cja-Mir-214 Cli-Mir-214-v1 Cmi-Mir-214-v1 Cpi-Mir-214-v1 Cpo-Mir-214-v1 Dno-Mir-214-v1 Eca-Mir-214-v1 Ete-Mir-214-v1 Gga-Mir-214-v1 Gja-Mir-214-v1 Hsa-Mir-214-v1 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Loc-Mir-214-v1 Mdo-Mir-214-v1 Mml-Mir-214-v1 Mmr-Mir-214-v1 Mmu-Mir-214-v1 Mun-Mir-214 Oan-Mir-214-v1 Ocu-Mir-214-v1 Pab-Mir-214 Rno-Mir-214-v1 Sha-Mir-214-v1 Spt-Mir-214 Sto-Mir-214-v1 Tgu-Mir-214-v1 Xtr-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE960262.1: 19350-19412 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v1) |
Mir-199-P1-v1
KE960262.1: 14393-14453 [+]
Mir-199-P1-v2 KE960262.1: 14393-14453 [+] Mir-199-P1-v3 KE960262.1: 14393-14453 [+] Mir-214-v1 KE960262.1: 19350-19412 [+] Mir-214-v2 KE960262.1: 19350-19412 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGGCUGGCUGGAUAGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCUCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAAUCCAGCCUGAAAGACAACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGGCUGGCUGGAUAGA--| U ACA AGAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ UAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUG C ACCAACAGAAAGUCCGACC^ U CAC UCCACUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pbv-Mir-214-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0039018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Pbv-Mir-214-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0039019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
|