MirGeneDB ID | Ocu-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-214-v1 Ami-Mir-214-v1 Bta-Mir-214-v1 Cfa-Mir-214-v1 Cja-Mir-214 Cli-Mir-214-v1 Cmi-Mir-214-v1 Cpi-Mir-214-v1 Cpo-Mir-214-v1 Dno-Mir-214-v1 Eca-Mir-214-v1 Ete-Mir-214-v1 Gga-Mir-214-v1 Gja-Mir-214-v1 Hsa-Mir-214-v1 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Loc-Mir-214-v1 Mdo-Mir-214-v1 Mml-Mir-214-v1 Mmr-Mir-214-v1 Mmu-Mir-214-v1 Mun-Mir-214 Oan-Mir-214-v1 Pab-Mir-214 Pbv-Mir-214-v1 Rno-Mir-214-v1 Sha-Mir-214-v1 Spt-Mir-214 Sto-Mir-214-v1 Tgu-Mir-214-v1 Xtr-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chr13: 20634041-20634103 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v1) |
Mir-199-P1-v1
chr13: 20628416-20628476 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1-v2 chr13: 20628416-20628476 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v3 chr13: 20628416-20628476 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v1 chr13: 20634041-20634103 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v2 chr13: 20634041-20634103 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGCCUGGCUGGACAGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCGCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAUGACCACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGCCUGGCUGGACAGA--| U ACA AGAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUG C ACCACCAGUAAGUCCGACC^ U CAC UCCACUCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ocu-Mir-214-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0048337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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Mature sequence | Ocu-Mir-214-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0048338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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