MirGeneDB ID | Ocu-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-214-v2 Ami-Mir-214-v2 Bta-Mir-214-v2 Cfa-Mir-214-v2 Cja-Mir-214 Cli-Mir-214-v2 Cmi-Mir-214-v2 Cpi-Mir-214-v2 Cpo-Mir-214-v2 Dno-Mir-214-v2 Eca-Mir-214-v2 Ete-Mir-214-v2 Gga-Mir-214-v2 Gja-Mir-214-v2 Hsa-Mir-214-v2 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Loc-Mir-214-v2 Mdo-Mir-214-v2 Mml-Mir-214-v2 Mmr-Mir-214-v2 Mmu-Mir-214-v2 Mun-Mir-214 Oan-Mir-214-v2 Pab-Mir-214 Pbv-Mir-214-v2 Rno-Mir-214-v2 Sha-Mir-214-v2 Spt-Mir-214 Sto-Mir-214-v2 Tgu-Mir-214-v2 Xtr-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chr13: 20634041-20634103 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v2) |
Mir-199-P1-v1
chr13: 20628416-20628476 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1-v2 chr13: 20628416-20628476 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v3 chr13: 20628416-20628476 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v1 chr13: 20634041-20634103 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v2 chr13: 20634041-20634103 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGCCUGGCUGGACAGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCGCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAUGACCACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGCCUGGCUGGACAGA--| U ACA GAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUGU C ACCACCAGUAAGUCCGACC^ U CAC CCACUCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-214-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-214-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
|