MirGeneDB ID | Oan-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | oan-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Oan-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-214-v2 Ami-Mir-214-v2 Bta-Mir-214-v2 Cfa-Mir-214-v2 Cja-Mir-214 Cli-Mir-214-v2 Cmi-Mir-214-v2 Cpi-Mir-214-v2 Cpo-Mir-214-v2 Dno-Mir-214-v2 Eca-Mir-214-v2 Ete-Mir-214-v2 Gga-Mir-214-v2 Gja-Mir-214-v2 Hsa-Mir-214-v2 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Loc-Mir-214-v2 Mdo-Mir-214-v2 Mml-Mir-214-v2 Mmr-Mir-214-v2 Mmu-Mir-214-v2 Mun-Mir-214 Ocu-Mir-214-v2 Pab-Mir-214 Pbv-Mir-214-v2 Rno-Mir-214-v2 Sha-Mir-214-v2 Spt-Mir-214 Sto-Mir-214-v2 Tgu-Mir-214-v2 Xtr-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041743.1: 5349852-5349914 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v2) |
Mir-214-v1
NC_041743.1: 5349852-5349914 [-]
Mir-214-v2 NC_041743.1: 5349852-5349914 [-] Mir-199-P1-v1 NC_041743.1: 5356219-5356279 [-] Mir-199-P1-v2 NC_041743.1: 5356219-5356279 [-] Mir-199-P1-v3 NC_041743.1: 5356219-5356279 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGACUGGCUGGACGGAGUUGUCACGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCUCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGACUGACAACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGACUGGCUGGACGGA--| C U ACA GAACAUC GUUGUCA GUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ CAACAGU CAC GACGGACAGA GGACGACAUGU C ACCAACAGUCAGUCCGACC^ A U CAC CCACUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Oan-Mir-214-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0007170 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Oan-Mir-214-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0007171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
|