MirGeneDB ID | Cli-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-214-v2 Ami-Mir-214-v2 Bta-Mir-214-v2 Cfa-Mir-214-v2 Cja-Mir-214 Cmi-Mir-214-v2 Cpi-Mir-214-v2 Cpo-Mir-214-v2 Dno-Mir-214-v2 Eca-Mir-214-v2 Ete-Mir-214-v2 Gga-Mir-214-v2 Gja-Mir-214-v2 Hsa-Mir-214-v2 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Loc-Mir-214-v2 Mdo-Mir-214-v2 Mml-Mir-214-v2 Mmr-Mir-214-v2 Mmu-Mir-214-v2 Mun-Mir-214 Oan-Mir-214-v2 Ocu-Mir-214-v2 Pab-Mir-214 Pbv-Mir-214-v2 Rno-Mir-214-v2 Sha-Mir-214-v2 Spt-Mir-214 Sto-Mir-214-v2 Tgu-Mir-214-v2 Xtr-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold7: 10456145-10456207 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v2) |
Mir-199-P1-v1
scaffold7: 10450277-10450337 [+]
Mir-199-P1-v2 scaffold7: 10450277-10450337 [+] Mir-199-P1-v3 scaffold7: 10450277-10450337 [+] Mir-214-v1 scaffold7: 10456145-10456207 [+] Mir-214-v2 scaffold7: 10456145-10456207 [+] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGACUGGCUGGACGGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCUCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCGCAUGACAACCCAGCCUGAGGGACAGCCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGACUGGCUGGACGGA--| U ACA GAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ CAACAGUACGC GACGGACAGA GGACGACAUGU C GCCGACAGGGAGUCCGACC^ U CAC CCACUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cli-Mir-214-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038592 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
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Mature sequence | Cli-Mir-214-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038593 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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