MirGeneDB ID | Ami-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-214-v2 Bta-Mir-214-v2 Cfa-Mir-214-v2 Cja-Mir-214 Cli-Mir-214-v2 Cmi-Mir-214-v2 Cpi-Mir-214-v2 Cpo-Mir-214-v2 Dno-Mir-214-v2 Eca-Mir-214-v2 Ete-Mir-214-v2 Gga-Mir-214-v2 Gja-Mir-214-v2 Hsa-Mir-214-v2 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Loc-Mir-214-v2 Mdo-Mir-214-v2 Mml-Mir-214-v2 Mmr-Mir-214-v2 Mmu-Mir-214-v2 Mun-Mir-214 Oan-Mir-214-v2 Ocu-Mir-214-v2 Pab-Mir-214 Pbv-Mir-214-v2 Rno-Mir-214-v2 Sha-Mir-214-v2 Spt-Mir-214 Sto-Mir-214-v2 Tgu-Mir-214-v2 Xtr-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709598.1: 575720-575782 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v2) |
Mir-214-v1
NW_017709598.1: 575720-575782 [-]
UCSC
Mir-214-v2 NW_017709598.1: 575720-575782 [-] UCSC Mir-199-P1-v1 NW_017709598.1: 581638-581698 [-] UCSC Mir-199-P1-v2 NW_017709598.1: 581638-581698 [-] UCSC Mir-199-P1-v3 NW_017709598.1: 581638-581698 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGAUUGGCUGGACGGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCACUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAUGACAACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGAUUGGCUGGACGGA--| U ACA GAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUGU C ACCAACAGUAAGUCCGACC^ U CAC CCACUCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ami-Mir-214-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
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Mature sequence | Ami-Mir-214-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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