MirGeneDB ID | Aca-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-214-v2 Bta-Mir-214-v2 Cfa-Mir-214-v2 Cli-Mir-214-v2 Cmi-Mir-214-v2 Cpi-Mir-214-v2 Cpo-Mir-214-v2 Dno-Mir-214-v2 Ete-Mir-214-v2 Gga-Mir-214-v2 Gja-Mir-214-v2 Hsa-Mir-214-v2 Lch-Mir-214 Loc-Mir-214-v2 Mdo-Mir-214-v2 Mml-Mir-214-v2 Mmu-Mir-214-v2 Mun-Mir-214 Oan-Mir-214-v2 Ocu-Mir-214-v2 Pbv-Mir-214-v2 Rno-Mir-214-v2 Sha-Mir-214-v2 Spt-Mir-214 Sto-Mir-214-v2 Tgu-Mir-214-v2 Xtr-Mir-214-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
AAWZ02037129: 14630-14692 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v2) |
Mir-199-P1-v1
AAWZ02037129: 4079-4139 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1-v2 AAWZ02037129: 4079-4139 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v3 AAWZ02037129: 4079-4139 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v1 AAWZ02037129: 14630-14692 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v2 AAWZ02037129: 14630-14692 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGGCUGGCUGGACAGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCUCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAAUACAGCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGGCUGGCUGGACAGA--| U ACA GAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUGU C ACCGACAUAAAGUCCGACC^ U CAC CCACUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aca-Mir-214-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0021871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
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Mature sequence | Aca-Mir-214-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0021872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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