MirGeneDB ID | Eca-Mir-330-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-330 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-330-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-330-v1 Cfa-Mir-330 Cja-Mir-330-v1 Cpo-Mir-330-v1 Dno-Mir-330-v1 Ete-Mir-330-v1 Hsa-Mir-330-v1 Laf-Mir-330 Mml-Mir-330-v1 Mmr-Mir-330-v1 Mmu-Mir-330-v1 Ocu-Mir-330-v1 Pab-Mir-330-v1 Rno-Mir-330-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009157.1: 16353448-16353511 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-330-v1) |
Mir-330-v1
CM009157.1: 16353448-16353511 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-330-v2 CM009157.1: 16353448-16353511 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUGCUGUGUGAUCCUUGGCGUUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUUCAAGAUCAACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGGCAGCGCUGCGCUCCUUACGCGGCCCCCCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGCUGUGUGAUCCUU- UCA- -- -| U AG CUUCAAG GGCGU CUGCCUCUCUG GGCC UGUG CUU GCU \ UCGCG GACGGAGAGAC CCGG ACAC GAA CGA A UUCCCCCCGGCGCAUUCC UCGC GU C^ - A- GCCAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-330-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0013012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCU -23
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-330-v1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGG -64
Get sequence
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