MirGeneDB ID | Laf-Mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-330 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-330-v1 Bta-Mir-330-v2 Cfa-Mir-330 Cja-Mir-330-v1 Cja-Mir-330-v2 Cpo-Mir-330-v1 Cpo-Mir-330-v2 Dno-Mir-330-v1 Dno-Mir-330-v2 Eca-Mir-330-v1 Eca-Mir-330-v2 Ete-Mir-330-v1 Ete-Mir-330-v2 Hsa-Mir-330-v1 Hsa-Mir-330-v2 Mml-Mir-330-v1 Mml-Mir-330-v2 Mmr-Mir-330-v1 Mmr-Mir-330-v2 Mmu-Mir-330-v1 Mmu-Mir-330-v2 Ocu-Mir-330-v1 Ocu-Mir-330-v2 Pab-Mir-330-v1 Pab-Mir-330-v2 Rno-Mir-330-v1 Rno-Mir-330-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010031.1: 4826440-4826503 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUGCUGUGUGAUCUUGGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCACGCUCAACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGCCAGCGCUCCGCUCCUUCCGCGGCCCCCAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGCUGUGUGAUCUUG- AUCA- C -- -| U AG CUGCACG GGCG CUG CUCUCUG GGCC UGUG CUU GCU \ UCGC GAC GAGAGAC CCGG ACAC GAA CGA C CGACCCCCGGCGCCUUCC CUCGC C GU C^ - A- GCCAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Laf-Mir-330_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Laf-Mir-330_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGC -64
Get sequence
|