MirGeneDB ID | Eca-Mir-374-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-374 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAUAAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-374a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-374-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-374-P1 Cfa-Mir-374-P1 Cja-Mir-374-P1 Cpo-Mir-374-P1 Dno-Mir-374-P1 Hsa-Mir-374-P1 Mml-Mir-374-P1 Mmr-Mir-374-P1 Ocu-Mir-374-P1 Pab-Mir-374-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 58620777-58620828 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-374-P1) |
Mir-421-P1-v1
CM009179.1: 58620605-58620667 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-421-P1-v2 CM009179.1: 58620606-58620665 [-] UCSC Ensembl Mir-374-P1 CM009179.1: 58620777-58620828 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCCCCUGGAAAGAAAUUUUACAUCGGCCAUUAUAAUACAACCUGAUAAGUGUUACAGCACUUAUCAGGUUGUAUUGUAAUUGUCUGUGUAUAUGCGUGUCUCCCUUCCUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACCCCCUGGAAAGAAAUUU--| C C UU UACAU GGC AUUAUAAUACAACCUGAUAAGUG A AUGUG CUG UAAUGUUAUGUUGGACUAUUCAC C UAUCCUUCCCUCUGUGCGUAU^ U U GA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-374-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0013213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAUAAUACAACCUGAUAAGUG -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Eca-Mir-374-P1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
30- CUUAUCAGGUUGUAUUGUAAUU -52
Get sequence
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