MirGeneDB ID | Eca-Mir-421-P1-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-421-P1-v1 Eca-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-421-P1-v1 Bta-Mir-421-P1-v2 Cfa-Mir-421-P1-v1 Cfa-Mir-421-P1-v2 Cpo-Mir-421-P1 Dno-Mir-421-P1-v1 Dno-Mir-421-P1-v2 Hsa-Mir-421-P1-v1 Hsa-Mir-421-P1-v2 Mml-Mir-421-P1-v1 Mml-Mir-421-P1-v2 Mmr-Mir-421-P1a Mmr-Mir-421-P1b Ocu-Mir-421-P1-v1 Ocu-Mir-421-P1-v2 Pab-Mir-421-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 58620606-58620665 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-421-P1-v2) |
Mir-421-P1-v1
CM009179.1: 58620605-58620667 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-421-P1-v2 CM009179.1: 58620606-58620665 [-] UCSC Ensembl Mir-374-P1 CM009179.1: 58620777-58620828 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAGAGCCCAGCCUGGCACAUUAGUAGGCCUCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGAAUAAAUGAAUGACUCAUCAACAAACAUUUAUUGUGUGCCUGCUAACGUGAUCUCCACAGGCUCUGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAGAGCCCAGCCUGGC--- A CU-| AUUG AUAAAU AC UUAGUAGGC CAGUAAAUGUUU GAUGA \ UG AAUCGUCCG GUUAUUUACAAA CUACU G CAGGUCUCGGACACCUCUAG C UGU^ CAA- CAGUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-421-P1-v2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGA -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Eca-Mir-421-P1-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0013239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUCAACAAACAUUUAUUGUGUGC -60
Get sequence
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