MirGeneDB ID | Eca-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-421 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-421-P1-v1 Eca-Mir-421-P1-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-421-P2 Cfa-Mir-421-P2 Cja-Mir-421-P2 Hsa-Mir-421-P2 Laf-Mir-421-P2 Mml-Mir-421-P2 Mmu-Mir-421-P2 Ocu-Mir-421-P2 Pab-Mir-421-P2 Rno-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 58556036-58556091 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-421-P2) |
Mir-421-P2
CM009179.1: 58556036-58556091 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-374-P2 CM009179.1: 58556200-58556251 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAGUACCUAAUCCAGUGCACAUUGUAGGCCUCAUUAAAUGUUUGUUGAAUGAAAAAAUGAAUCAUCAACAGACAUUAAUUGGGCGCCUGCUCUGUGAUCUCCAUGAGCUCAGCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACAGUACCUAAUCCAGUG- UU -| UUA A AAAA CACA GUAGGC CUCA AAUGUUUGUUGA UGA \ GUGU CGUCCG GGGU UUACAGACAACU ACU A UUCGACUCGAGUACCUCUA CU C^ UAA - AAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 3p arm that is monouridylated at the 3' end. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-421-P2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0013216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUCAUUAAAUGUUUGUUGAAUGA -23
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-421-P2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- AUCAACAGACAUUAAUUGGGCG -56
Get sequence
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