MirGeneDB ID | Ocu-Mir-421-P1-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCAACAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-421-P1-v1 Ocu-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-421-P1-v1 Bta-Mir-421-P1-v2 Cfa-Mir-421-P1-v1 Cfa-Mir-421-P1-v2 Cpo-Mir-421-P1 Dno-Mir-421-P1-v1 Dno-Mir-421-P1-v2 Eca-Mir-421-P1-v1 Eca-Mir-421-P1-v2 Hsa-Mir-421-P1-v1 Hsa-Mir-421-P1-v2 Mml-Mir-421-P1-v1 Mml-Mir-421-P1-v2 Mmr-Mir-421-P1a Mmr-Mir-421-P1b Pab-Mir-421-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0059: 1527805-1527863 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-421-P1-v2) |
Mir-374-P1
chrUn0059: 1527643-1527694 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-421-P1-v1 chrUn0059: 1527804-1527864 [+] UCSC Ensembl Mir-421-P1-v2 chrUn0059: 1527805-1527863 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAGAGCCCAGCUUGGCACAUUAGUAGGCCUCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGAAUAAAUGAGUGACUCAUCAACAAACAUUUAUUGCGUGCCUGCUAAAGUGAUCUCCACAGGCUCUGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAGAGCCCAGCUUGGC-- A CU-| AUUG AUAAAU AC UUAGUAGGC CAGUAAAUGUUU GAUGA \ UG AAUCGUCCG GUUAUUUACAAA CUACU G AGGUCUCGGACACCUCUAG A UGC^ CAA- CAGUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-421-P1-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048527 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-421-P1-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048528 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUCAACAAACAUUUAUUGCGUG -59
Get sequence
|