MirGeneDB ID | Ocu-Mir-374-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-374 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAUAAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-374a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-374-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-374-P1 Cfa-Mir-374-P1 Cja-Mir-374-P1 Cpo-Mir-374-P1 Dno-Mir-374-P1 Eca-Mir-374-P1 Hsa-Mir-374-P1 Mml-Mir-374-P1 Mmr-Mir-374-P1 Pab-Mir-374-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0059: 1527643-1527694 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-374-P1) |
Mir-374-P1
chrUn0059: 1527643-1527694 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-421-P1-v1 chrUn0059: 1527804-1527864 [+] UCSC Ensembl Mir-421-P1-v2 chrUn0059: 1527805-1527863 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGCCCCUGGAAAGCAAUUUACAUCGGCCAUUAUAAUACAACCUGAUAAGUGUUACAGCACUUACCAGAUUGUAUUGUAAUUGUCUGUGUAUAUGCCUGUCUGUCUUCCUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGCCCCUGGAAAGCAAUU--| C C C A UU UACAU GGC AUUAUAAUACAA CUG UAAGUG A AUGUG CUG UAAUGUUAUGUU GAC AUUCAC C UGUCCUUCUGUCUGUCCGUAU^ U U A C GA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-374-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAUAAUACAACCUGAUAAGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Ocu-Mir-374-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
30- CUUACCAGAUUGUAUUGUAAUU -52
Get sequence
|