MirGeneDB ID | Cfa-Mir-421-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAACAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-421-P1-v2 Cfa-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-421-P1-v1 Bta-Mir-421-P1-v2 Cpo-Mir-421-P1 Dno-Mir-421-P1-v1 Dno-Mir-421-P1-v2 Eca-Mir-421-P1-v1 Eca-Mir-421-P1-v2 Hsa-Mir-421-P1-v1 Hsa-Mir-421-P1-v2 Mml-Mir-421-P1-v1 Mml-Mir-421-P1-v2 Mmr-Mir-421-P1a Mmr-Mir-421-P1b Ocu-Mir-421-P1-v1 Ocu-Mir-421-P1-v2 Pab-Mir-421-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 57590222-57590284 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-421-P1-v1) |
Mir-421-P2
chrX: 57550054-57550110 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-374-P2 chrX: 57550217-57550268 [-] UCSC Ensembl Mir-421-P1-v1 chrX: 57590222-57590284 [-] UCSC Ensembl Mir-421-P1-v2 chrX: 57590223-57590282 [-] UCSC Ensembl Mir-374-P1 chrX: 57590394-57590445 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCCAGAGCCCAGCCUGGCACAUUAGUAGGCCUCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGAAUAAAUGAAUGACUCAUCAACAAACAUUUAUCGUGUGCCUGCUAAGGUGAUCUCCACAGGCUCUGGACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCCAGAGCCCAGCCUGG-- A CU --| AUUG AAUAAAU CAC UUAGUAGGC CA GUAAAUGUUU GAUG \ GUG AAUCGUCCG GU UAUUUACAAA CUAC G UCAGGUCUCGGACACCUCUA G U- GC^ CAA- UCAGUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-421-P1-v1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0009911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUCAGUAAAUGUUUAUUGGAUG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-545 miRDB: MIMAT0009911 |
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Mature sequence | Cfa-Mir-421-P1-v1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UCAACAAACAUUUAUCGUGUGCC -63
Get sequence
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