MirGeneDB ID | Cfa-Mir-421-P1-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCAACAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-421-P1-v1 Cfa-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-421-P1-v1 Bta-Mir-421-P1-v2 Cpo-Mir-421-P1 Dno-Mir-421-P1-v1 Dno-Mir-421-P1-v2 Eca-Mir-421-P1-v1 Eca-Mir-421-P1-v2 Hsa-Mir-421-P1-v1 Hsa-Mir-421-P1-v2 Mml-Mir-421-P1-v1 Mml-Mir-421-P1-v2 Mmr-Mir-421-P1a Mmr-Mir-421-P1b Ocu-Mir-421-P1-v1 Ocu-Mir-421-P1-v2 Pab-Mir-421-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 57590223-57590282 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-421-P1-v2) |
Mir-421-P2
chrX: 57550054-57550110 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-374-P2 chrX: 57550217-57550268 [-] UCSC Ensembl Mir-421-P1-v1 chrX: 57590222-57590284 [-] UCSC Ensembl Mir-421-P1-v2 chrX: 57590223-57590282 [-] UCSC Ensembl Mir-374-P1 chrX: 57590394-57590445 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAGAGCCCAGCCUGGCACAUUAGUAGGCCUCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGAAUAAAUGAAUGACUCAUCAACAAACAUUUAUCGUGUGCCUGCUAAGGUGAUCUCCACAGGCUCUGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAGAGCCCAGCCUGGC--- A CU --| AUUG AUAAAU AC UUAGUAGGC CA GUAAAUGUUU GAUGA \ UG AAUCGUCCG GU UAUUUACAAA CUACU G CAGGUCUCGGACACCUCUAG G U- GC^ CAA- CAGUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-421-P1-v2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0009911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-545 miRDB: MIMAT0009911 |
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Mature sequence | Cfa-Mir-421-P1-v2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUCAACAAACAUUUAUCGUGUGC -60
Get sequence
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