MirGeneDB ID | Bta-Mir-421-P1-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-421-P1-v1 Bta-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-421-P1-v1 Cfa-Mir-421-P1-v2 Cpo-Mir-421-P1 Dno-Mir-421-P1-v1 Dno-Mir-421-P1-v2 Eca-Mir-421-P1-v1 Eca-Mir-421-P1-v2 Hsa-Mir-421-P1-v1 Hsa-Mir-421-P1-v2 Mml-Mir-421-P1-v1 Mml-Mir-421-P1-v2 Mmr-Mir-421-P1a Mmr-Mir-421-P1b Ocu-Mir-421-P1-v1 Ocu-Mir-421-P1-v2 Pab-Mir-421-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037357.1: 76853222-76853281 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-421-P1-v2) |
Mir-374-P1
NC_037357.1: 76853059-76853110 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-421-P1-v1 NC_037357.1: 76853220-76853282 [+] UCSC Ensembl Mir-421-P1-v2 NC_037357.1: 76853222-76853281 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAGAGCCCAGCCUGGCACAUUCGUAGGCCUCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGAAUAAAUGAAUGGCUCAUCAACAAACAUUUAUUGUGUGCCUGCUAACGUGAUCUCCACAGGCUCUGAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAGAGCCCAGCCUGGCACAUUC--- CU-| AUUG AUAAAU GUAGGC CAGUAAAUGUUU GAUGA \ CGUCCG GUUAUUUACAAA CUACU G CAAGUCUCGGACACCUCUAGUGCAAU UGU^ CAA- CGGUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Mir-421-P1-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003806 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-545-5p |
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Star sequence | Bta-Mir-421-P1-v2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0003807 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUCAACAAACAUUUAUUGUGUGC -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-545-3p |