MirGeneDB ID | Gja-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gja-Mir-217-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-217-v1 Ami-Mir-217-v1 Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Bta-Mir-217-v1 Cfa-Mir-217-v1 Cja-Mir-217-v1 Cli-Mir-217-v1 Cmi-Mir-217 Cpi-Mir-217-v1 Cpo-Mir-217-v1 Dno-Mir-217-v1 Dre-Mir-217-v1 Eca-Mir-217-v1 Ete-Mir-217-v1 Gga-Mir-217-v1 Gmo-Mir-217 Hsa-Mir-217-v1 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mml-Mir-217-v1 Mmr-Mir-217 Mmu-Mir-217-v1 Mun-Mir-217-v1 Neu-Mir-217-v1 Oan-Mir-217-v1 Ocu-Mir-217-v1 Pab-Mir-217-v1 Pbv-Mir-217-v1 Rno-Mir-217-v1 Sha-Mir-217-v1 Spt-Mir-217 Sto-Mir-217-v1 Tgu-Mir-217-v1 Tni-Mir-217 Xtr-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015176455.1: 652933-652991 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUAGCCUGCAGAGUUUUUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUAAUAAUCAGGCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGCAUCAGCAAAAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGUAGCCUGCAGAGUUUUU--| CGC A C C U AUAAUA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG A CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U UUAAAACGACUACGAACAAAU^ ACU C U A - ACGGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gja-Mir-217-v1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGA -23
Get sequence
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Star sequence | Gja-Mir-217-v1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCC -59
Get sequence
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