MirGeneDB ID | Cfa-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-217-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-217-v1 Ami-Mir-217-v1 Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Bta-Mir-217-v1 Cja-Mir-217-v1 Cli-Mir-217-v1 Cmi-Mir-217 Cpi-Mir-217-v1 Cpo-Mir-217-v1 Dno-Mir-217-v1 Dre-Mir-217-v1 Eca-Mir-217-v1 Ete-Mir-217-v1 Gga-Mir-217-v1 Gja-Mir-217-v1 Gmo-Mir-217 Hsa-Mir-217-v1 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mml-Mir-217-v1 Mmr-Mir-217 Mmu-Mir-217-v1 Mun-Mir-217-v1 Neu-Mir-217-v1 Oan-Mir-217-v1 Ocu-Mir-217-v1 Pab-Mir-217-v1 Pbv-Mir-217-v1 Rno-Mir-217-v1 Sha-Mir-217-v1 Spt-Mir-217 Sto-Mir-217-v1 Tgu-Mir-217-v1 Tni-Mir-217 Xtr-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr10: 56754576-56754634 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-v1) |
Mir-217-v2
chr10: 56754575-56754635 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-217-v1 chr10: 56754576-56754634 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2b chr10: 56761455-56761516 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2a chr10: 56772853-56772914 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAAUUACUACGAGUUUUUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUAAGAAUGGGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGCCUCAGUGAACACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUAAUUACUACGAGUUUUU--| CGC A C C U AUAAGA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG A CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U CACAAGUGACUCCGAACAAAU^ ACU C U A - ACUGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-217-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009850 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-217 miRDB: MIMAT0009850 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-217-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCC -59
Get sequence
|