MirGeneDB ID | Cfa-Mir-216-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-216a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-216-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aca-Mir-216-P2b Ami-Mir-216-P2b Asu-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Bta-Mir-216-P2b Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Cgi-Mir-216-P2 Cli-Mir-216-P2b Cmi-Mir-216-P2b Cpi-Mir-216-P2b Cpo-Mir-216-P2b Dan-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dno-Mir-216-P2b Dpu-Mir-216-P2 Dre-Mir-216-P2b Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Ebu-Mir-216-P2b1 Efe-Mir-216-P2 Ete-Mir-216-P2b Gga-Mir-216-P2b Gja-Mir-216-P2b Gmo-Mir-216-P2b Hme-Mir-216-P2 Hsa-Mir-216-P2b Isc-Mir-216-P2 Lch-Mir-216-P2b Lgi-Mir-216-P2 Loc-Mir-216-P2b Mal-Mir-216-P2b Mdo-Mir-216-P2b Mml-Mir-216-P2b Mmu-Mir-216-P2b Mun-Mir-216-P2b Oan-Mir-216-P2b Ocu-Mir-216-P2b Pbv-Mir-216-P2b Pma-Mir-216-P2b1 Rno-Mir-216-P2b Sha-Mir-216-P2b Spt-Mir-216-P2b Sto-Mir-216-P2b Tca-Mir-216-P2 Tgu-Mir-216-P2b Tni-Mir-216-P2b Xla-Mir-216-P2b3 Xla-Mir-216-P2b4 Xtr-Mir-216-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr10: 56761455-56761516 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2b) |
Mir-217-v2
chr10: 56754575-56754635 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-217-v1 chr10: 56754576-56754634 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2b chr10: 56761455-56761516 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2a chr10: 56772853-56772914 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGUCUAACCUGGAUGGCUGUGAGUUGGCUUAAUCUCAGCUGGCAACUGUGAGAUGUUCAUACAAUCCCCCACAGUGGUCUCUGGGAUUAUGCUAAACAGAGCAAUAUCCUUGCCCUCAUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGUCUAACCUGGAUGG-----| GAG U CU A AGAUGUUCA CUGU UUGGC UAAUCUCAG GGC ACUGUG \ GACA AAUCG AUUAGGGUC CUG UGACAC U GGUACUCCCGUUCCUAUAACGA^ --- U U- G CCCCUAACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-216-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009849 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAUCUCAGCUGGCAACUGUGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-216a miRDB: MIMAT0009849 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-216-P2b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CACAGUGGUCUCUGGGAUUAUG -62
Get sequence
|