MirGeneDB ID | Bta-Mir-216-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-216a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-216-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aca-Mir-216-P2b Ami-Mir-216-P2b Asu-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Cfa-Mir-216-P2b Cgi-Mir-216-P2 Cli-Mir-216-P2b Cmi-Mir-216-P2b Cpi-Mir-216-P2b Cpo-Mir-216-P2b Dan-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dno-Mir-216-P2b Dpu-Mir-216-P2 Dre-Mir-216-P2b Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Ebu-Mir-216-P2b1 Efe-Mir-216-P2 Ete-Mir-216-P2b Gga-Mir-216-P2b Gja-Mir-216-P2b Gmo-Mir-216-P2b Hme-Mir-216-P2 Hsa-Mir-216-P2b Isc-Mir-216-P2 Lch-Mir-216-P2b Lgi-Mir-216-P2 Loc-Mir-216-P2b Mal-Mir-216-P2b Mdo-Mir-216-P2b Mml-Mir-216-P2b Mmu-Mir-216-P2b Mun-Mir-216-P2b Oan-Mir-216-P2b Ocu-Mir-216-P2b Pbv-Mir-216-P2b Pma-Mir-216-P2b1 Rno-Mir-216-P2b Sha-Mir-216-P2b Spt-Mir-216-P2b Sto-Mir-216-P2b Tca-Mir-216-P2 Tgu-Mir-216-P2b Tni-Mir-216-P2b Xla-Mir-216-P2b3 Xla-Mir-216-P2b4 Xtr-Mir-216-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037338.1: 38640719-38640780 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2b) |
Mir-217-v2
NC_037338.1: 38628468-38628528 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-217-v1 NC_037338.1: 38628469-38628527 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2b NC_037338.1: 38640719-38640780 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2a NC_037338.1: 38657092-38657153 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGUCUAACCUGGAUGGCUGUGAGUUGGCUUAAUCUCAGCUGGCAACUGUGAGAUGUUCAUACAGUCCUCCACAGUGGUCUCUGGGAUUAUGCUAAACAGAGCAAUCUCCUUGCCCUCAUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGUCUAACCUGGAUGG-----| GAG U CU A - AUGUUC CUGU UUGGC UAAUCUCAG GGC ACUGUG AG A GACA AAUCG AUUAGGGUC CUG UGACAC UC U GGUACUCCCGUUCCUCUAACGA^ --- U U- G C CUGACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Mir-216-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAUCUCAGCUGGCAACUGUGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-216a |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bta-Mir-216-P2b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CACAGUGGUCUCUGGGAUUAUG -62
Get sequence
|