| MirGeneDB ID | Bta-Mir-216-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-216b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-216-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aca-Mir-216-P2a Ami-Mir-216-P2a Asu-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Cfa-Mir-216-P2a Cgi-Mir-216-P2 Cli-Mir-216-P2a Cmi-Mir-216-P2a Cpi-Mir-216-P2a Cpo-Mir-216-P2a Dan-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dno-Mir-216-P2a Dpu-Mir-216-P2 Dre-Mir-216-P2a Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Ebu-Mir-216-P2a2 Efe-Mir-216-P2 Ete-Mir-216-P2a Gga-Mir-216-P2a Gja-Mir-216-P2a Gmo-Mir-216-P2a Hme-Mir-216-P2 Hsa-Mir-216-P2a Isc-Mir-216-P2 Lch-Mir-216-P2a Lgi-Mir-216-P2 Loc-Mir-216-P2a Mal-Mir-216-P2a Mdo-Mir-216-P2a Mml-Mir-216-P2a Mmu-Mir-216-P2a Oan-Mir-216-P2a Ocu-Mir-216-P2a Pbv-Mir-216-P2a Pma-Mir-216-P2a1 Pma-Mir-216-P2a2 Rno-Mir-216-P2a Sha-Mir-216-P2a Spt-Mir-216-P2a Sto-Mir-216-P2a Tca-Mir-216-P2 Tgu-Mir-216-P2a Tni-Mir-216-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037338.1: 38657092-38657153 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2a) |
Mir-217-v2
NC_037338.1: 38628468-38628528 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-217-v1 NC_037338.1: 38628469-38628527 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2b NC_037338.1: 38640719-38640780 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2a NC_037338.1: 38657092-38657153 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAAAUACAACUUCAAAGUGGCAGACUGGAAAAUCUCUGCAGGCAAAUGUGAUGUCACUAAAGAAAUCACACACUUACCCGUAGAGAUUCUACAGUCUGACAUCUUCAAACAUCAAACCAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAAAUACAACUUCAAA--| G GAA A C A AUGUCACU GUG CAGACUG AAUCUCUGC GG AA UGUG A UAC GUCUGAC UUAGAGAUG CC UU ACAC A UUACCAAACUACAAACUUC^ A AUC C A C ACUAAAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bta-Mir-216-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAUCUCUGCAGGCAAAUGUGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-216b |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bta-Mir-216-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACACUUACCCGUAGAGAUUCUA -62
Get sequence
|
