| MirGeneDB ID | Cli-Mir-216-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-216b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-216-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aca-Mir-216-P2a Ami-Mir-216-P2a Asu-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Bta-Mir-216-P2a Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Cfa-Mir-216-P2a Cgi-Mir-216-P2 Cmi-Mir-216-P2a Cpi-Mir-216-P2a Cpo-Mir-216-P2a Dan-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dno-Mir-216-P2a Dpu-Mir-216-P2 Dre-Mir-216-P2a Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Ebu-Mir-216-P2a2 Efe-Mir-216-P2 Ete-Mir-216-P2a Gga-Mir-216-P2a Gja-Mir-216-P2a Gmo-Mir-216-P2a Hme-Mir-216-P2 Hsa-Mir-216-P2a Isc-Mir-216-P2 Lch-Mir-216-P2a Lgi-Mir-216-P2 Loc-Mir-216-P2a Mal-Mir-216-P2a Mdo-Mir-216-P2a Mml-Mir-216-P2a Mmu-Mir-216-P2a Oan-Mir-216-P2a Ocu-Mir-216-P2a Pbv-Mir-216-P2a Pma-Mir-216-P2a1 Pma-Mir-216-P2a2 Rno-Mir-216-P2a Sha-Mir-216-P2a Spt-Mir-216-P2a Sto-Mir-216-P2a Tca-Mir-216-P2 Tgu-Mir-216-P2a Tni-Mir-216-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold628: 125966-126027 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2a) |
Mir-216-P2a
scaffold628: 125966-126027 [+]
Mir-216-P2b scaffold628: 130781-130841 [+] Mir-217-v2 scaffold628: 133576-133636 [+] Mir-217-v1 scaffold628: 133577-133635 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUCAACCUGGAUAAAAGUCGCAGACUGGGAAAUCUCUGCAGGCAAAUGUGAUGUCUUUAUAGCAAUCUCACAAUUACCUGUAGAGAUUCUACAAUCUGGCACCUUCAGACACAGUAAUUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUCAACCUGGAUAAAAGUC- - C -| A C A UGUCUUU G CAGA UG GGAA UCUCUGCAGG AA UGUGA A C GUCU AC UCUU AGAGAUGUCC UU ACACU U UAUUAAUGACACAGACUUCCA G A A^ - A A CUAACGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cli-Mir-216-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAUCUCUGCAGGCAAAUGUGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cli-Mir-216-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACAAUUACCUGUAGAGAUUCUA -62
Get sequence
|
