| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-8-P1a Gmo-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P3a Ami-Mir-8-P3a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P3 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P3 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P3a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P3a Cgi-Mir-8 Cli-Mir-8-P3a Cmi-Mir-8-P3a Cpi-Mir-8-P3a Cpo-Mir-8-P3a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P3a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P3a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P3a Gga-Mir-8-P3a Gja-Mir-8-P3a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P3a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P3a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P3a Mal-Mir-8-P3a Mdo-Mir-8-P3a Mml-Mir-8-P3a Mmu-Mir-8-P3a Mun-Mir-8-P3a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P3a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P3a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P3a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P3a Sha-Mir-8-P3a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P3a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P3a Tca-Mir-8 Tni-Mir-8-P3a Xla-Mir-8-P3a1 Xla-Mir-8-P3a2 Xtr-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1125: 78518-78576 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P3a) |
Mir-8-P1a
GeneScaffold_1125: 76773-76832 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2a GeneScaffold_1125: 76985-77046 [+] UCSC Ensembl Mir-8-P3a GeneScaffold_1125: 78518-78576 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGUGAGAAGUGCUCAGCCCCUUGAUAGACGUCUUACCAGACACGGUUAGAUUUAAUGAUCUGUGUCUAAUACUGUCUGGUAAUGCCGUCUAUUAAGUGGCGCUACCUUCUACUCUCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGGUGAGAAGUGCUCAGC- - -| C CG UUUAAU CC CUUGAUAGAC GU UUACCAGACA GUUAGA G GG GAAUUAUCUG CG AAUGGUCUGU UAAUCU A CUCUCUCAUCUUCCAUCGC U C^ U CA GUGUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-8-P3a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUCUUACCAGACACGGUUAGA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-8-P3a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044108 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAAUACUGUCUGGUAAUGCCGU -59
Get sequence
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