MirGeneDB ID | Xla-Mir-8-P3a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-8-P1a1 Xla-Mir-8-P1a2 Xla-Mir-8-P2a1 Xla-Mir-8-P2a2 Xla-Mir-8-P3a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P3a Ami-Mir-8-P3a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P3 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P3 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P3a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P3a Cgi-Mir-8 Cli-Mir-8-P3a Cmi-Mir-8-P3a Cpi-Mir-8-P3a Cpo-Mir-8-P3a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P3a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P3a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P3a Gga-Mir-8-P3a Gja-Mir-8-P3a Gmo-Mir-8-P3a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P3a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P3a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P3a Mal-Mir-8-P3a Mdo-Mir-8-P3a Mml-Mir-8-P3a Mmu-Mir-8-P3a Mun-Mir-8-P3a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P3a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P3a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P3a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P3a Sha-Mir-8-P3a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P3a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P3a Tca-Mir-8 Tni-Mir-8-P3a Xtr-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030736.1: 81487076-81487134 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P3a1) |
Mir-8-P3a1
NC_030736.1: 81487076-81487134 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2a1 NC_030736.1: 81489807-81489867 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCAUCCUGCAGUACUGCCUGUUGACCAAUGUCUUACCAGACAAGGUUAGAUCUAGUUACUCUCGUCUAAUACUGUCUGGUAAUGCCGUUGGUUGCAUCGGCCAAGUCUUCAGCAUGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCCAUCCUGCAGUACUG- U - -| C AG UCUAGU CC GU UGACCAAU GU UUACCAGACA GUUAGA U GG UA GUUGGUUG CG AAUGGUCUGU UAAUCU A GUGUACGACUUCUGAACC C C C^ U CA GCUCUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xla-Mir-8-P3a1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUCUUACCAGACAAGGUUAGA -21
Get sequence
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Mature sequence | Xla-Mir-8-P3a1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001346 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAAUACUGUCUGGUAAUGCCGU -59
Get sequence
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