MirGeneDB ID | Xla-Mir-8-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-200a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-8-P1a1 Xla-Mir-8-P1a2 Xla-Mir-8-P2a2 Xla-Mir-8-P3a1 Xla-Mir-8-P3a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P2a Ami-Mir-8-P2a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P2 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P2a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P2a Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P2 Cli-Mir-8-P2a Cmi-Mir-8-P2a Cpi-Mir-8-P2a Cpo-Mir-8-P2a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P2a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P2a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P2a Gga-Mir-8-P2a Gja-Mir-8-P2a Gmo-Mir-8-P2a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P2a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P2a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P2a Mal-Mir-8-P2a Mdo-Mir-8-P2a Mml-Mir-8-P2a Mmu-Mir-8-P2a Mun-Mir-8-P2a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P2a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P2a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P2a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P2a Sha-Mir-8-P2a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P2a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P2a Tca-Mir-8 Tgu-Mir-8-P2a Tni-Mir-8-P2a Xtr-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030736.1: 81489807-81489867 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P2a1) |
Mir-8-P3a1
NC_030736.1: 81487076-81487134 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2a1 NC_030736.1: 81489807-81489867 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCCUUUGCAGAAGCCUGGUCCUCUAUGGACAUCUUACUAGACAGUGCUGGAUUUAUUUUAUGUUUUCUAACACUGUCUGGUAACGAUGUUUAAAGUGUGAGCCAACAUACUCCGUGUUCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUCCUUUGCAGAAGCCUGG- CU- A -| C UUUAUU UC CU UGGACAUC UUACUAGACAGUG UGGA U AG GA AUUUGUAG AAUGGUCUGUCAC AUCU U CCUUGUGCCUCAUACAACCG UGU A C^ A UUUGUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xla-Mir-8-P2a1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0046518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUACUAGACAGUGCUGGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Xla-Mir-8-P2a1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0046519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAACACUGUCUGGUAACGAUGUU -61
Get sequence
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