MirGeneDB ID | Xla-Mir-8-P1a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-200b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-8-P1a1 Xla-Mir-8-P2a1 Xla-Mir-8-P2a2 Xla-Mir-8-P3a1 Xla-Mir-8-P3a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P1a Ami-Mir-8-P1a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P1-v1 Bfl-Mir-8-P1-v2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P1 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P1a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P1a Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P1 Cli-Mir-8-P1a Cmi-Mir-8-P1a Cpi-Mir-8-P1a Cpo-Mir-8-P1a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P1a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P1a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P1a Gga-Mir-8-P1a Gja-Mir-8-P1a Gmo-Mir-8-P1a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P1a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P1a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P1a Mal-Mir-8-P1a Mdo-Mir-8-P1a Mml-Mir-8-P1a Mmu-Mir-8-P1a Mun-Mir-8-P1a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P1a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P1a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P1a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P1a Sha-Mir-8-P1a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P1a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P1a Tca-Mir-8 Tgu-Mir-8-P1a Tni-Mir-8-P1a Xtr-Mir-8-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030737.1: 57399626-57399685 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P1a2) |
Mir-8-P2a2
NC_030737.1: 57397899-57397959 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P1a2 NC_030737.1: 57399626-57399685 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUACUCCUUUGGAUCCUGUGGCGCUAUUGCCAUCUUACUGGGCAGCAUUGGAUUAUGUCUAUGUUUCUAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAUUAUGGCGUCCCACAUACAACGUGCGGCAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUACUCCUUUGGAUCCU-- U UGC -| UG C UUAUGU G GGCGCUAU CAUC UUAC GGCAG AUUGGA \ C CUGCGGUA GUAG AAUG CCGUC UAAUCU C GAACGGCGUGCAACAUACA C UUA U^ GU A UUGUAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xla-Mir-8-P1a2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0046520 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUACUGGGCAGCAUUGGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Xla-Mir-8-P1a2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0046521 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAU -60
Get sequence
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