| MirGeneDB ID | Tni-Mir-8-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-200b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-8-P2a Tni-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P1a Ami-Mir-8-P1a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P1-v1 Bfl-Mir-8-P1-v2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P1 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P1a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P1a Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P1 Cli-Mir-8-P1a Cmi-Mir-8-P1a Cpi-Mir-8-P1a Cpo-Mir-8-P1a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P1a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P1a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P1a Gga-Mir-8-P1a Gja-Mir-8-P1a Gmo-Mir-8-P1a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P1a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P1a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P1a Mal-Mir-8-P1a Mdo-Mir-8-P1a Mml-Mir-8-P1a Mmu-Mir-8-P1a Mun-Mir-8-P1a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P1a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P1a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P1a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P1a Sha-Mir-8-P1a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P1a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P1a Tca-Mir-8 Tgu-Mir-8-P1a Xla-Mir-8-P1a1 Xla-Mir-8-P1a2 Xtr-Mir-8-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
Un_random: 2991282-2991341 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P1a) |
Mir-8-P1a
Un_random: 2991282-2991341 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2a Un_random: 2991451-2991512 [+] UCSC Ensembl Mir-8-P3a Un_random: 2992668-2992726 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUACAUUUUGUCUCUUUGAUGAUUAUCUCCAUCUUACGAGGCAGCAUUGGAUAGCAUCACUUUUUCUAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAUGAUCGUCGUCUGCAGGCCACGACUGAAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUUACAUUUUGUCUCUUU-- U UC -| G C UAGCAU GAUGAU AUC CAUC UUAC AGGCAG AUUGGA \ CUGCUG UAG GUAG AAUG UCCGUC UAAUCU C AGGAAGUCAGCACCGGACGU C UA U^ G A UUUUCA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-8-P1a_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUCUUACGAGGCAGCAUUGGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-8-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0002984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAU -60
Get sequence
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