MirGeneDB ID | Cfa-Mir-8-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-200b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-8-P1b Cfa-Mir-8-P2a Cfa-Mir-8-P2b Cfa-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P1a Ami-Mir-8-P1a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P1-v1 Bfl-Mir-8-P1-v2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P1 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P1a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P1 Cli-Mir-8-P1a Cmi-Mir-8-P1a Cpi-Mir-8-P1a Cpo-Mir-8-P1a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P1a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P1a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P1a Gga-Mir-8-P1a Gja-Mir-8-P1a Gmo-Mir-8-P1a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P1a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P1a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P1a Mal-Mir-8-P1a Mdo-Mir-8-P1a Mml-Mir-8-P1a Mmu-Mir-8-P1a Mun-Mir-8-P1a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P1a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P1a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P1a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P1a Sha-Mir-8-P1a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P1a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P1a Tca-Mir-8 Tgu-Mir-8-P1a Tni-Mir-8-P1a Xla-Mir-8-P1a1 Xla-Mir-8-P1a2 Xtr-Mir-8-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr5: 56368408-56368466 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P1a) |
Mir-8-P1a
chr5: 56368408-56368466 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2a chr5: 56369078-56369138 [+] UCSC Ensembl Mir-8-P3a chr5: 56370524-56370582 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCCCAGACCCAAUAGGGGGCGGCCAUCGCCAUCUUACUGGGCAGCAUUGGAUGGUGUCAGGUCUCUAAUACUGCCUGGUAAUGAUGACGGCGGGGCCCUGCGCGCAACGACGGGGCCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCCCCAGACCCAAUAGGG- C A --- -| UG C UGGUG GG GGCC UCGCC AUC UUAC GGCAG AUUGGA U UC CCGG GGCGG UAG AAUG CCGUC UAAUCU C GCCGGGGCAGCAACGCGCG - - CAG U^ GU A CUGGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-8-P1a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUACUGGGCAGCAUUGGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-200b miRDB: MIMAT0009864 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-8-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAC -59
Get sequence
|