MirGeneDB ID | Cfa-Mir-8-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-8-P1a Cfa-Mir-8-P1b Cfa-Mir-8-P2a Cfa-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P2 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P2b Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P2 Cpo-Mir-8-P2b Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P2b Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P2b Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P2b Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P2b Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lgi-Mir-8 Mdo-Mir-8-P2b Mml-Mir-8-P2b Mmu-Mir-8-P2b Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P2b Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P2b Ovu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P2b Sha-Mir-8-P2b Sko-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr27: 38081675-38081739 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P2b) |
Mir-8-P2b
chr27: 38081675-38081739 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P1b chr27: 38082097-38082159 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGGAGCUGCACGUCCGCCGGCUCUGGGUCCAUCUUCCAGUACAGUGUUGGAUGGUCUAGUCACGAAGCUCCUAACACUGUCUGGUAAAGAUGGCCCCCGGGCCGGUUCCCUCAGCAGUGACCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGAGCUGCACGUCCG-- U U --| U AUGGUCUAG CCGGCUC GGG CCAUCUU CCAG ACAGUGUUGG U GGCCGGG CCC GGUAGAA GGUC UGUCACAAUC C UUCCAGUGACGACUCCCUU C C AU^ - CUCGAAGCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-8-P2b_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUCCAGUACAGUGUUGGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-8-P2b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UAACACUGUCUGGUAAAGAUGGC -65
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-141 miRDB: MIMAT0009876 |