MirGeneDB ID | Mmr-Mir-450-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-450 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUGCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmr-Mir-450-P2 Mmr-Mir-450-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-450-P1 Cfa-Mir-450-P1 Cja-Mir-450-P1 Cpo-Mir-450-P1 Dno-Mir-450-P1 Eca-Mir-450-P1 Hsa-Mir-450-P1 Laf-Mir-450-P1 Mml-Mir-450-P1 Mmu-Mir-450-P1 Ocu-Mir-450-P1 Pab-Mir-450-P1 Rno-Mir-450-P1a Rno-Mir-450-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007693.1: 64870824-64870880 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-450-P1) |
Mir-542-v1
CM007693.1: 64871640-64871698 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-542-v2 CM007693.1: 64871641-64871697 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c CM007693.1: 64876908-64876966 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAGUUAUCAAAAAAAAGAUGCUAAACUAUUUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAUGUAAUAUAAAUGUAUUGGGAACAUUUUGCAUUCAUAGUUUUGUAUCAAUAAUAUGGGAAAGAGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAAGUUAUCAAAAAAAA--| U UUU U GUAAU GAUGC AAACUAU UGCGA GUGUUCCUAAUAU \ CUAUG UUUGAUA ACGUU UACAAGGGUUAUG A CGGAGAAAGGGUAUAAUAA^ U CUU U UAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmr-Mir-450-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAU -22
Get sequence
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Star sequence | Mmr-Mir-450-P1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUUGGGAACAUUUUGCAUUCAU -57
Get sequence
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